La SETE est également impliquée dans l’enseignement en collaboration avec l’Université Paul Sabatier de Toulouse (http://www.univ-tlse3.fr/) et l’Ecole doctorale SEVAB ( https://www.ed-sevab.univ-toulouse.fr/as/ed/edsevab/entree.pl)

Depuis 2017, la SETE, la Faculté d'Economie de Toulouse (TSE) et le laboratoire Évolution & Diversité Biologique (EDB) de l'Université Toulouse 3 Paul Sabatier se sont unis pour proposer un programme de Master M2 Economie et Ecologie (ECY2).

Ce Master pluridisciplinaire en 2ème année offre aux étudiants une opportunité unique d'étudier des méthodes avancées en économie et en écologie, leur permettant d'analyser diverses questions environnementales avec une approche intégrée. Les compétences uniques acquises au cours de ce master de 2ème année placeront les étudiants dans une excellente position pour travailler dans toute organisation publique ou privée cherchant à évaluer les conséquences écologiques et économiques des activités humaines sur la biodiversité et les écosystèmes.

Les chercheurs de la SETE enseignent également dans le master Functional Biology & Ecology de la TULIP – Graduate School (TULIP-GS).  Ce master, entièrement en anglais, est ouvert à l’international. La formation permet aux étudiants d’acquérir les connaissances nécessaires en biologie fonctionnelle, en écologie et évolution afin de développer des projets de recherche à l’interface entre ces disciplines. Un aspect essentiel de ce Master est l’immersion forte des étudiants en laboratoire dès le M1, par le biais de stages de longue durée et l’apprentissage par projet.  De nombreux chercheurs interviennent dans la formation, en tant que chargés de cours ou de tutorat. A partir de la deuxième année de Master, des chercheurs internationaux sont invités.

La SETE accueille régulièrement des collégiens, lycéens, et étudiants en Master pour des stages de courte ou longue durée.

La Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE) est impliquée dans les enseignements pratiques de la formation initiale à l’Utilisation d'animaux à des fins scientifiques de la faune sauvage non hébergée (UAFS FSNH).

Depuis 2017, le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l’Office national de la chasse et la faune sauvage (ONCFS), se sont associés pour proposer une formation initiale et réglementaire pour toute personne travaillant avec de la faune sauvage sans maintien en captivité et dans un cadre scientifique.

Cette formation initiale concerne toute une diversité d’espèces (tous les vertébrés et les céphalopodes) et permet d’acquérir les compétences réglementaires et techniques, ainsi que les connaissances nécessaires, pour mener des études scientifiques dans le respect du bien-être animal et de la réglementation en vigueur (Directive 2010/63/EU sur la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques).

Cette formation se décompose en deux modules distincts:

- Le premier module (théorique) est délivré au MNHN de Paris, il aborde la réglementation française et européenne, le concept des 3R en expérimentation (Réduire, Raffiner, Remplacer), le renforcement des connaissances en anatomie, physiologie, écologie et éthologie animale, et en dernier lieu les outils d'aide à la mise en œuvre de méthodes alternatives.

- Le second module (pratique) est constitué de rappels théoriques ainsi que des cours et des ateliers de travail adaptés à chaque groupe (mammifères, reptiles, amphibiens, oiseaux). Afin de couvrir l’ensemble des groupes ciblés, le module pratique est réaliser au sein de deux stations de terrain du CNRS : une partie des ateliers spécifiques aux mammifères, aux oiseaux, aux amphibiens (seulement les anoures) et aux reptiles (seulement les tortues et les serpents) se font au Centre d’Etudes Biologiques de Chizé (CEBC) et l’autre partie des ateliers spécifiques aux amphibiens (seulement les urodèles) et aux reptiles (seulement les lézards) sont réalisés à la SETE.