RESEARCH INTERESTS
Recherche / Research
-Français-
L’objectif de ma thèse est de tester les liens entre la diversité intraspécifique (génétique et épigénétique) et le fonctionnement des écosystèmes. Je travaille sur 3 espèces (Phoxinus phoxinus, Gammarus fossarum et Alnus glutinosa) vivant dans des écosystèmes fluviaux et qui interagissent au sein d’un réseau trophique pour comprendre ces liens dans un réseau un peu plus complexe que ce qui est actuellement fait dans la littérature. La thèse combine des approches moléculaires, observationnelles et expérimentales et est structurée en trois chapitres. Le premier chapitre a pour objectif de tester le lien diversité génétique ~ fonctionnement de l’écosystème en milieux naturels (avec toute la complexité environnementale que cela implique). Pour cela, nous combineront un échantillonnage à grande échelle et des technologies de séquençages (RAD pool-seq). Dans le deuxième chapitre, je vais me concentrer sur une seule espèce (Gammarus Fossarum) et l’objectif est de tester ce même lien, mais en milieux contrôlé et en ciblant des « gènes candidats », qui sont des gènes « clés » pour la dégradation de la matière organique (pour résumer : diversité des gènes candidats ~ fonctionnement de l’écosystème). Le dernier chapitre a pour objectif de découpler les effets relatifs de l’environnement et de la diversité intraspécifique sur le fonctionnement et la stabilité des écosystèmes. Pour cela, nous utiliserons une approche expérimentale en milieu contrôlé (l’Aquatron à Moulis) et des mesures génétiques (RAD en pool) et épigénétiques (épi-GBS) permettront de tester par exemple si les conditions environnementales ont amené à une sélection de certains variants au sein des bassins ou à une réponse plastique des populations. Ultimement, cette thèse générera de nouveaux résultats qui devraient contribuer à intégrer davantage la diversité intraspécifique dans le cadre des BEFs, ce qui peut, à terme permettre d’améliorer les politiques de conservation actuelles (qui visent pour le moment à préserver la richesse spécifique uniquement).
-English-
The objective of my thesis is to test the links between (genetic and epigenetic) intraspecific diversity and ecosystems functioning. I am working on 3 species (Phoxinus phoxinus, Gammarus fossarum and Alnus glutinosa), living in fluvial ecosystems and interacting within a food web, to understand these links in a network a little more complex than what is currently done in the literature. The thesis combines molecular, observational and experimental approaches and is structured in three chapters. The first chapter aims at testing the link genetic diversity ~ ecosystem functioning in natural environments (with all the environmental complexity that it implies). For this, we will combine large-scale sampling and sequencing technologies (RAD pool-seq). In the second chapter, I will focus on a single species (Gammarus Fossarum) and the objective is to test the same link, but in controlled environments and targeting "candidate genes", which are "key" genes for the degradation of organic matter (to sum up: diversity of candidate genes ~ ecosystem functioning). The final chapter aims at decoupling the relative effects of the environment and intraspecific diversity on ecosystems functioning and stability. For this, we will use an experimental approach in a controlled environment (the Aquatron in Moulis) and genetic (RAD in pool) and epigenetic (epi-GBS) measurements will allow us to test, for example, whether the environmental conditions have led to a selection of certain variants within the basins or to a plastic response of populations. Ultimately, this thesis will generate new results that should help to further integrate intraspecific diversity within the framework of BEFs, which may ultimately improve current conservation policies (which currently aim at preserving only specific richness).
PUBLICATIONS
(2023) - Genomic and species diversity patterns across multiple trophic levels in riverscapes - Oikos
Fargeot L, Poesy C, Lefort M, Prunier JG, Krick M, Veyssière C, Richard M, Mercier C, Sautreuil M, Huberson N, Langford N, Legrand D, Loot G, Blanchet S
(2023) - Genomic and species diversity patterns across multiple trophic levels in riverscapes - Oikos e10015Fargeot L., Loot G., Prunier J.G., Rey O., Veyssière C. and Blanchet S.
(2021) - Patterns of epigenetic diversity in two sympatric fish species: Genetic vs. environmental determinants. - Genes 12, 107